Το Λιμενικό Σώμα - Ελληνική Ακτοφυλακή αντιμετωπίζει σοβαρό πρόβλημα υποστελέχωσης, με ελλείψεις που φτάνουν το ένα τρίτο της προβλεπόμενης δύναμης, ενώ σε επιμέρους υπηρεσίες οι ελλείψεις προσεγγίζουν ή και ξεπερνούν το 60%. Στο Νομό Χανίων συγκεκριμένα, τα κενά στις υπηρεσίες του Λιμενικού ανέρχονται σε 25. Η υποστελέχωση και οι αυξημένες απαιτήσεις των υπηρεσιών έχουν οδηγήσει το υπάρχον προσωπικό σε συνθήκες υπερκόπωσης, ενώ οι συνεχείς αποστρατείες και ο υψηλός μέσος όρος ηλικίας των στελεχών επιδεινώνουν την κατάσταση.
Η Πανελλήνια Ομοσπονδία Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος έχει θέσει ως πρωταρχικό αίτημα την αύξηση των οργανικών θέσεων και την ανακατανομή προσωπικού, καθώς η μείωση των οργανικών θέσεων κατά 2.250 και η εφαρμογή του Καλλικράτη έχουν επηρεάσει σημαντικά το Σώμα. Πρόσφατα κατατέθηκε τροπολογία που προβλέπει την πρόσληψη 500 μόνιμων λιμενοφυλάκων μέσω συστήματος μοριοδότησης, χωρίς Πανελλαδικές Εξετάσεις, με επιμήκυνση όμως κατά τρία έτη στον χρόνο παραμονής στον βαθμό πριν από προαγωγή.
Το ζήτημα της επαρκούς στελέχωσης είναι κρίσιμο για την αποτελεσματική λειτουργία των λιμενικών αρχών, που έχουν ευρύ φάσμα αρμοδιοτήτων από τη ναυτική ασφάλεια και τη διάσωση έως τον έλεγχο της μετανάστευσης και την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος.
