Το τελωνείο της Σαμοθράκης παραμένει ανενεργό εδώ και 14 χρόνια, παρά το γεγονός ότι το νησί εντάχθηκε στο καθεστώς της visa express από την 1η Απριλίου 2025. Η εγκατάσταση τελωνείου αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση για την ενεργοποίηση της 7ήμερης visa, που επιτρέπει σε Τούρκους επισκέπτες να εισέρχονται στο νησί με απλοποιημένες διαδικασίες. Για να εφαρμοστεί η visa Express, θα πρέπει να υπάρχει απευθείας ακτοπλοϊκή σύνδεση της Σαμοθράκης με τα τουρκικά παράλια, κάτι που επίσης δεν υπάρχει προς το παρόν.
Σε άλλα νησιά όπου εφαρμόζεται το ίδιο καθεστώς, οι τελωνειακές υποδομές είναι σαφώς μικρότερης κλίμακας, με χαρακτηριστικά παραδείγματα να κυμαίνονται μεταξύ 100 και 250 τ.μ., ενώ σε πολλές περιπτώσεις αξιοποιήθηκαν υφιστάμενα κτίρια με προσωρινές παρεμβάσεις, επιτρέποντας την άμεση λειτουργία. Οι επαγγελματίες του νησιού προειδοποιούν ότι το νησί κινδυνεύει να χάσει το τρένο της τουριστικής ανάπτυξης εξαιτίας του δυσκίνητου σχεδιασμού, καθώς ο συγκεκριμένος σχεδιασμός ακυρώνει στην πράξη το ευεργετικό καθεστώς της visa express. Οι σύλλογοι Τουριστικών Καταλυμάτων, Επαγγελματιών και Θέρμων της Σαμοθράκης απέστειλαν τον Μάρτιο 2026 κοινή επιστολή προς τους βουλευτές Έβρου, ζητώντας παρέμβαση για τη λειτουργία του Τελωνείου.