Το Δίκτυο Natura 2000 αποτελεί ένα Ευρωπαϊκό Οικολογικό Δίκτυο περιοχών, οι οποίες φιλοξενούν φυσικούς τύπους οικοτόπων και οικοτόπους ειδών που είναι σημαντικοί σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Σύμφωνα με την ΚΥΑ 50743 (ΦΕΚ 4432Β/15-12-2017), οι προστατευόμενες περιοχές του δικτύου στην Ελλάδα ανέρχονται σε 446, οι οποίες καλύπτουν επιφάνεια 58.773,25 τ.χλμ. Στην περιοχή του Θερίσου Χανίων, το φαράγγι προστατεύεται στο πλαίσιο των περιοχών κοινοτικού ενδιαφέροντος του δικτύου Natura 2000 λόγω της οικολογικής του σημασίας.
Η προσαρμογή των ορίων περιοχών Natura αποτελεί σύνθετη διαδικασία. Η διαπιστωμένη ανάγκη βελτίωσης της χαρτογράφησης των περιοχών Natura του 2001 καλύφθηκε με την υλοποίηση του έργου «Ανάπτυξη υποδομής χωρικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας (1:5000) για τις χερσαίες προστατευόμενες περιοχές του δικτύου Νatura 2000». Το έργο είχε ως αντικείμενο τον ακριβέστερο προσδιορισμό των εξωτερικών ορίων των χερσαίων ΤΚΣ και ΖΕΠ. Η αρμοδιότητα τήρησης και ενημέρωσης των ορίων EZΔ (Ειδικές Ζώνες Διαχείρισης) και ΖΕΠ (Ζώνες Ειδικής Προστασίας) σε βάση γεωχωρικών δεδομένων ανατίθεται στο Ν.Π.Δ.Δ. «ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΚΤΗΜΑΤΟΛΟΓΙΟ», σε συνεργασία με τη Διεύθυνση Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος και Βιοποικιλότητας του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας.
Η ένταξη ακινήτων εντός ορίων Natura επηρεάζει σημαντικά τη δόμηση. Στα γήπεδα που βρίσκονται εκτός των εγκεκριμένων σχεδίων πόλεως ή εκτός των ορίων των προ του έτους 1923 νομίμως υφιστάμενων οικισμών ή εκτός των ορίων των οικισμών με πληθυσμό μέχρι 2.000 κατοίκους, σε Ειδικές Ζώνες Διατήρησης και Ζώνες Ειδικής Προστασίας, το ελάχιστο εμβαδόν για τη δόμηση καθορίζεται σε 10.000 τ.μ. Ωστόσο, δεν επιτρέπεται να περιλαμβάνονται στα όρια οικισμών περιοχές ενταγμένες στο δίκτυο NATURA 2000, γεγονός που δημιουργεί προβλήματα όταν τμήματα εντός οικισμών έχουν χαρακτηριστεί ως Natura.
